Tem por objetivo prestar serviços às cooperativas de crédito do SICOOB, além de disponibilizar produtos e serviços criados especificamente para as mesmas. Os principais serviços prestados pelo Bancoob às cooperativas são os acessos à conta "Reservas Bancárias" e ao Serviço de Compensação de Cheques e Outros Papéis (SCCOP).

Esses acessos são importantes e estratégicos, pois permitem às cooperativas buscar recursos junto do Tesouro Nacional e propiciar, aos seus associados, a manutenção de contas correntes e o recebimento de documentos compensáveis, como contas de água, luz, telefone etc.